https://wiki.biophysics.science.ru.nl/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Marcw 2026-04-07T07:34:04Z User contributions MediaWiki 1.43.0 https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=172 2019-08-08T07:15:50Z

<p>Marcw: /* Insurances */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There is also the option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> For research with [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation], you should send your ethical application to the CCMO.<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Faculty of Science (FNWI) have their own (non-accredited) [https://www.ru.nl/science/research/about-our-research/ethics-committee/ Research Ethics Committee], when research has no WMO obligation. Applications for ethical assessment can be submitted by e-mail to the secretary of the committee. Applications need to include the following:<br /> <br /> * A research plan that at the least describes the goal, questions and methodology of the research;<br /> * A short memorandum that explains what are the main ethical issues in the proposed research, and how these issues will be dealt with;<br /> * If the research involves human respondents or participants, documentation concerning the [https://www.ccmo.nl/ informed consent procedure]<br /> * A [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ data management plan]<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> Data should be stored in a [https://data.donders.ru.nl/?1 repository].<br /> <br /> A data management plan can be created at the [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ Research Information Services].<br /> <br /> == Insurances ==<br /> <br /> <br /> For research without WMO obligation, liability insurances apply. The liability insurance policies have been taken out with Delta Lloyd (business liability) and Centramed (medical liability) by the Stichting KU. Contact for these insurances is Frederique van Zomeren. <br /> <br /> For research with WMO obligation, a subject insurance will additionally apply. These are taken out with Centramed by the RadboudUMC. Contact for this insurance is Karen de Wolf.<br /> <br /> <br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=171 2019-08-08T07:14:13Z

<p>Marcw: /* Insurances */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There is also the option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> For research with [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation], you should send your ethical application to the CCMO.<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Faculty of Science (FNWI) have their own (non-accredited) [https://www.ru.nl/science/research/about-our-research/ethics-committee/ Research Ethics Committee], when research has no WMO obligation. Applications for ethical assessment can be submitted by e-mail to the secretary of the committee. Applications need to include the following:<br /> <br /> * A research plan that at the least describes the goal, questions and methodology of the research;<br /> * A short memorandum that explains what are the main ethical issues in the proposed research, and how these issues will be dealt with;<br /> * If the research involves human respondents or participants, documentation concerning the [https://www.ccmo.nl/ informed consent procedure]<br /> * A [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ data management plan]<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> Data should be stored in a [https://data.donders.ru.nl/?1 repository].<br /> <br /> A data management plan can be created at the [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ Research Information Services].<br /> <br /> == Insurances ==<br /> <br /> <br /> For research without WMO obligation, liability insurances apply. The liability insurance policies have been taken out with Delta Lloyd (business liability) and Centramed (medical liability) by the Stichting KU. Contact for these insurances at the Science Faculty is Frederique van Zomeren. <br /> <br /> For research with WMO obligation, a subject insurance will additionally apply. These are taken out with Centramed by the RadboudUMC. Contact for this insurance is Karen de Wolf.<br /> <br /> <br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=170 2019-08-08T07:08:11Z

<p>Marcw: /* Subjects */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There is also the option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> For research with [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation], you should send your ethical application to the CCMO.<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Faculty of Science (FNWI) have their own (non-accredited) [https://www.ru.nl/science/research/about-our-research/ethics-committee/ Research Ethics Committee], when research has no WMO obligation. Applications for ethical assessment can be submitted by e-mail to the secretary of the committee. Applications need to include the following:<br /> <br /> * A research plan that at the least describes the goal, questions and methodology of the research;<br /> * A short memorandum that explains what are the main ethical issues in the proposed research, and how these issues will be dealt with;<br /> * If the research involves human respondents or participants, documentation concerning the [https://www.ccmo.nl/ informed consent procedure]<br /> * A [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ data management plan]<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> Data should be stored in a [https://data.donders.ru.nl/?1 repository].<br /> <br /> A data management plan can be created at the [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ Research Information Services].<br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=169 2019-08-08T07:07:33Z

<p>Marcw: /* Ethics */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> For research with [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation], you should send your ethical application to the CCMO.<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Faculty of Science (FNWI) have their own (non-accredited) [https://www.ru.nl/science/research/about-our-research/ethics-committee/ Research Ethics Committee], when research has no WMO obligation. Applications for ethical assessment can be submitted by e-mail to the secretary of the committee. Applications need to include the following:<br /> <br /> * A research plan that at the least describes the goal, questions and methodology of the research;<br /> * A short memorandum that explains what are the main ethical issues in the proposed research, and how these issues will be dealt with;<br /> * If the research involves human respondents or participants, documentation concerning the [https://www.ccmo.nl/ informed consent procedure]<br /> * A [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ data management plan]<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> Data should be stored in a [https://data.donders.ru.nl/?1 repository].<br /> <br /> A data management plan can be created at the [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ Research Information Services].<br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=168 2019-08-08T07:04:09Z

<p>Marcw: /* Data management */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> WMO: [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation]<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Faculty of Science (FNWI) have their own (non-accredited) [https://www.ru.nl/science/research/about-our-research/ethics-committee/ Research Ethics Committee].<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> Data should be stored in a [https://data.donders.ru.nl/?1 repository].<br /> <br /> A data management plan can be created at the [https://www.ru.nl/research-information-services/manuals/step-step-writing-data-management-plan/ Research Information Services].<br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=167 2019-08-08T07:01:15Z

<p>Marcw: /* Ethics */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> WMO: [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation]<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Faculty of Science (FNWI) have their own (non-accredited) [https://www.ru.nl/science/research/about-our-research/ethics-committee/ Research Ethics Committee].<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=156 2016-11-16T13:03:36Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> WMO: [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation]<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Social Sciences Faculty (FSW) have their own (non-accredited) [http://www.ru.nl/socialsciences/ethics-committee/ethics-committee/ Ethics Committee]. As we are running similar experiments as the senorimotorlab at FSW, we might consider asking this committee whether they could judge our experiments (or whether they should be sent to an METC/MREC).<br /> <br /> == Data management ==<br /> <br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=155 2016-11-16T13:01:58Z

<p>Marcw: /* Ethics */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> WMO: [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet/ WMO obligation]<br /> <br /> Registration: [http://www.nfu.nl/wetenschap/kwaliteitsborging/basiscursus/ Basis cursus]<br /> <br /> The Social Sciences Faculty (FSW) have their own (non-accredited) [http://www.ru.nl/socialsciences/ethics-committee/ethics-committee/ Ethics Committee]. As we are running similar experiments as the senorimotorlab at FSW, we might consider asking this committee whether they could judge our experiments (or whether they should be sent to an METC/MREC).<br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=154 2016-11-16T13:00:45Z

<p>Marcw: /* Ethics */</p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> <br /> WMO: [http://www.ccmo.nl/nl/uw-onderzoek-wmo-plichtig-of-niet]<br /> <br /> The Social Sciences Faculty (FSW) have their own (non-accredited) [http://www.ru.nl/socialsciences/ethics-committee/ethics-committee/ Ethics Committee]. As we are running similar experiments as the senorimotorlab at FSW, we might consider asking this committee whether they could judge our experiments (or whether they should be sent to an METC/MREC).<br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Ethics_%26_Subjects&diff=153 2016-05-03T11:08:22Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> <br /> == Subjects ==<br /> At DCN-FNWI-Biophysics, participants are typically recruited from the student population or from the ENT clinic, but we also have contact information on the Donders website<br /> [http://www.ru.nl/donders/proefpersonen/proefpersonen-info/engelse-versie/participants/].<br /> <br /> There might be an option to recruit them via [https://radboud.sona-systems.com/ SONA Radboud Research Participation System].<br /> <br /> == Ethics ==<br /> The Social Sciences Faculty (FSW) have their own (non-accredited) [http://www.ru.nl/socialsciences/ethics-committee/ethics-committee/ Ethics Committee]. As we are running similar experiments as the senorimotorlab at FSW, we might consider asking this committee whether they could judge our experiments (or whether they should be sent to an METC/MREC).<br /> <br /> == Insurances ==<br /> In Dutch:<br /> Bij niet WMO-plichtig onderzoek zijn de bedrijfsaansprakelijkheidsverzekering en de medische aansprakelijkheidsverzekering van toepassing. Deze verzekeringen zijn afgesloten door de Stichting KU. Deze verzekering dekt schade als gevolg van claims op basis van aansprakelijkheid (tekortkoming, schade, causaal verband).<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek dient tevens een proefpersonenverzekering afgesloten te worden. Die verzekering dekt schade als gevolg van deelname aan onderzoek, zonder dat sprake hoeft te zijn van aansprakelijkheid (tekortkoming), want de gedachtelijn is: mensen nemen vrijwillig deel aan onderzoek waarvan de risico’s voor een deel onbekend zijn. Voor deze inzet geldt een compensatie bij schade zonder aansprakelijkheidstraject. Deze verplichting van proefpersonenverzekering geldt niet als METC (die WMO-plichtig onderzoek toetst) een ontheffing heeft gegeven.<br /> <br /> Bij WMO-plichtig onderzoek zal de toetsende METC een certificaat vragen van de aansprakelijkheidsverzekeringen. Ook zal METC vragen hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Hiervoor geldt het volgende:<br /> - ofwel er wordt door de onderzoeker bij METC om ontheffing van de verzekeringsplicht gevraagd<br /> - als er geen reden is voor ontheffingsvraag of als ontheffing niet verkregen wordt zal onderzoeker bij METC dienen aan te geven hoe de proefpersonenverzekering is geregeld. Dit kan ofwel door de verrichter (niet zijnde RU/UMC) zijn en dan is het nodig een certificaat te tonen waaruit dat blijkt. Als RU/UMC zelf verrichter is zal het onderzoek dus onder de Radboud proefpersonenverzekering dienen te vallen. Er geldt een parapludekking voor al het onderzoek van RU/UMC. Aan het einde van het jaar wordt afgerekend op basis van daadwerkelijke aantallen. Daarom is het nodig, om onder de verzekering te vallen, dat de naam van het onderzoek, startdatum, aantal proefpersonen, datum goedkeuring METC moet worden doorgegeven aan de verzekeraar. Ik verzamel deze gegevens voor UMC, Donders en geef dit periodiek door aan verzekeraar. Als FNWI een WMO-plichtig onderzoek gaat doen (waarvoor geen ontheffing geldt) dan zullen zij deze gegevens ook aan mij moeten doorgeven. Pas als de gegevens worden doorgegeven kan een certificaat worden uitgegeven, zodat aan METC kan worden bewezen dat het onderzoek onder Radboudverzekering valt.<br /> <br /> DE aansprakelijkheidsverzekeringen zijn afgesloten bij Delta Lloyd (bedrijfsaansprakelijkheid) en Centramed (beroepsaansprakelijkheid).<br /> <br /> Karen de Wolf (juriste) van het RadboudUMC beheert de verzekeringen met betrekking tot proefpersonen. Aan haar dienen de gegevens van het onderzoek zoals hierboven aangegeven, doorgegeven te worden.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Biophysics_Workgroup&diff=152 2016-04-15T06:54:24Z

<p>Marcw: Created page with &quot;Here are the short reports/minutes of the Biophysics workgroup meeting.&quot;</p> <hr /> <div>Here are the short reports/minutes of the Biophysics workgroup meeting.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Meetings&diff=151 2016-04-15T06:53:32Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>[[Biophysics Workgroup]]: Every thursday at 16h00. Contact: Martijn Agterberg<br /> <br /> Sphere lab: Every tuesday at 14h00. Contact: Marc van Wanrooij &amp; Guus van Bentum<br /> <br /> NIRS lab: Every tuesday at 10h00. Contact: Marc van Wanrooij &amp; Katharina Vogt</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=150 2016-03-03T10:19:28Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]<br /> * [http://www.healthpac.eu/Wiki/protocol_NIRSEEG.doc NIRS/EEG]<br /> <br /> == Rules ==<br /> * No internet on experimental PCs<br /> * No food or drinks in the labs<br /> * Never leave subjects alone<br /> <br /> == Problem solving ==<br /> [http://www.healthpac.eu/Wiki/Problemsolving101.docx How to solve lab problems]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=149 2016-03-03T10:19:09Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]<br /> * ( [http://www.healthpac.eu/Wiki/protocol_NIRSEEG.doc NIRS/EEG]<br /> <br /> == Rules ==<br /> * No internet on experimental PCs<br /> * No food or drinks in the labs<br /> * Never leave subjects alone<br /> <br /> == Problem solving ==<br /> [http://www.healthpac.eu/Wiki/Problemsolving101.docx How to solve lab problems]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=148 2015-10-09T06:53:59Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]<br /> <br /> == Rules ==<br /> * No internet on experimental PCs<br /> * No food or drinks in the labs<br /> * Never leave subjects alone<br /> <br /> == Problem solving ==<br /> [http://www.healthpac.eu/Wiki/Problemsolving101.docx How to solve lab problems]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=147 2015-08-27T08:25:06Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == Documents ==<br /> <br /> Most documents are stored on the network drive //mbaudit1-srv.science.ru.nl/mbaudit1<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[ Computer stuff]]<br /> <br /> [[Student supervision]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> [[Issues &amp; Problems]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=146 2015-08-27T08:24:46Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == Documents ==<br /> <br /> Most documents are stored on the network drive //mbaudit1-srv.science.ru.nl/mbaudit1<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[ Computer stuff]]<br /> <br /> [[Student supervision]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[Good laboratory practice]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> [[Issues &amp; Problems]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=145 2015-08-27T08:24:26Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> == Documents ==<br /> <br /> Most documents are stored on the network drive //mbaudit1-srv.science.ru.nl/mbaudit1<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[ Computer stuff]]<br /> <br /> [[Student supervision]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> [[Issues &amp; Problems]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=144 2015-08-27T08:22:49Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]<br /> <br /> == Rules ==<br /> * No internet on experimental PCs<br /> * No food or drinks in the labs<br /> * Never leave subjects alone</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=143 2015-08-27T08:22:34Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]<br /> <br /> == Rules ==<br /> - No internet on experimental PCs<br /> - No food or drinks in the labs<br /> - Never leave subjects alone</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Issues_%26_Problems&diff=142 2015-08-27T08:19:58Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>We have a Git project on [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab] to keep track of issues and problems with the labs.<br /> * Please login with your Science account, and ask Günter, Ruurd or Marc to add you to the biophysics_labs project as a member.<br /> * Afterwards, you will be able to login to [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab] , where you will find the sphere_lab project on the top-right of the page. Click on this.<br /> * In the left-column, you can find the issues section. Click on this,<br /> * You can now add an issue, and &quot;assign&quot; it to one of the project members. If you need more people knowing of this problem, you can &quot;assign&quot; them to the problem, or ask them to &quot;subscribe&quot; to the problem. They will receive an e-mail on all updates/comments.<br /> * Add comments and figures about the problem.<br /> * Close the issue when the problem is solved.<br /> <br /> This will enable us to keep track of all issues in the labs. Note: it is also important to talk to others involved.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Computer_stuff&diff=141 2015-08-27T08:18:39Z

<p>Marcw: Created page with &quot;Code Network&quot;</p> <hr /> <div>[[Code]]<br /> <br /> [[Network]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=140 2015-08-27T08:18:33Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[ Computer stuff]]<br /> <br /> [[Student supervision]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> [[Issues &amp; Problems]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=139 2015-08-27T08:17:32Z

<p>Marcw: /* How can I access Gitlab? */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Then ask Marc to gain access to biophysics and biophysics_labs<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client [https://windows.github.com/ for Windows] or [https://mac.github.com/ for Mac], and add the repository via Command line instructions:<br /> ** '''Git global setup'''<br /> *** git config --global user.name &quot;Your Name&quot;<br /> *** git config --global user.email &quot;your.e@mail.adress&quot;<br /> ** '''Create a new repository'''<br /> *** git clone https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** cd test<br /> *** touch README.md<br /> *** git add README.md<br /> *** git commit -m &quot;add README&quot;<br /> *** git push -u origin master<br /> ** '''Existing folder or Git repository'''<br /> *** cd existing_folder<br /> *** git init<br /> *** git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** git push -u origin master<br /> <br /> <br /> * Install the Git client [https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview Atlassian Sourcetree], and ''Clone'' the repository via a button press<br /> <br /> == How can I get the changes others have made (fetch/pull)? ==<br /> * In Github for Windows: the Sync button<br /> * In Atlassian Sourcetree: the Pull button<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (commit/push)?==<br /> You should have Master rights to be able to upload your changes to the remote repository.<br /> If you do not have own, you should work in a branch.<br /> * In Github for Windows and in Atlassian Source Tree: push the Branch button, and give it a meaningful name (i.e. your first name)<br /> Then you can upload<br /> * In Github for Windows: Sync<br /> * In Atlassian SourceTree: stage files - commit - push when commit<br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Biophysics ===<br /> For running experiments in the [[Sphere_lab]], to analyse fast eye and head movements, to do bayesian data anaysis, and some other utilities</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=138 2015-08-27T08:16:54Z

<p>Marcw: /* Which repositories exist, and what are they for? */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client [https://windows.github.com/ for Windows] or [https://mac.github.com/ for Mac], and add the repository via Command line instructions:<br /> ** '''Git global setup'''<br /> *** git config --global user.name &quot;Your Name&quot;<br /> *** git config --global user.email &quot;your.e@mail.adress&quot;<br /> ** '''Create a new repository'''<br /> *** git clone https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** cd test<br /> *** touch README.md<br /> *** git add README.md<br /> *** git commit -m &quot;add README&quot;<br /> *** git push -u origin master<br /> ** '''Existing folder or Git repository'''<br /> *** cd existing_folder<br /> *** git init<br /> *** git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** git push -u origin master<br /> <br /> <br /> * Install the Git client [https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview Atlassian Sourcetree], and ''Clone'' the repository via a button press<br /> <br /> == How can I get the changes others have made (fetch/pull)? ==<br /> * In Github for Windows: the Sync button<br /> * In Atlassian Sourcetree: the Pull button<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (commit/push)?==<br /> You should have Master rights to be able to upload your changes to the remote repository.<br /> If you do not have own, you should work in a branch.<br /> * In Github for Windows and in Atlassian Source Tree: push the Branch button, and give it a meaningful name (i.e. your first name)<br /> Then you can upload<br /> * In Github for Windows: Sync<br /> * In Atlassian SourceTree: stage files - commit - push when commit<br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Biophysics ===<br /> For running experiments in the [[Sphere_lab]], to analyse fast eye and head movements, to do bayesian data anaysis, and some other utilities</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Student_supervision&diff=137 2015-08-27T08:15:29Z

<p>Marcw: Created page with &quot;Powerpoint presentation on [http://www.healthpac.eu/Wiki/Internships.pdf student supervision]&quot;</p> <hr /> <div>Powerpoint presentation on [http://www.healthpac.eu/Wiki/Internships.pdf student supervision]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=136 2015-08-27T08:13:17Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[Code]]<br /> <br /> [[Network]]<br /> <br /> [[Student supervision]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> [[Issues &amp; Problems]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=120 2015-06-14T07:45:54Z

<p>Marcw: /* Click */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client [https://windows.github.com/ for Windows] or [https://mac.github.com/ for Mac], and add the repository via Command line instructions:<br /> ** '''Git global setup'''<br /> *** git config --global user.name &quot;Your Name&quot;<br /> *** git config --global user.email &quot;your.e@mail.adress&quot;<br /> ** '''Create a new repository'''<br /> *** git clone https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** cd test<br /> *** touch README.md<br /> *** git add README.md<br /> *** git commit -m &quot;add README&quot;<br /> *** git push -u origin master<br /> ** '''Existing folder or Git repository'''<br /> *** cd existing_folder<br /> *** git init<br /> *** git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** git push -u origin master<br /> <br /> <br /> * Install the Git client [https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview Atlassian Sourcetree], and ''Clone'' the repository via a button press<br /> <br /> == How can I get the changes others have made (fetch/pull)? ==<br /> * In Github for Windows: the Sync button<br /> * In Atlassian Sourcetree: the Pull button<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (commit/push)?==<br /> You should have Master rights to be able to upload your changes to the remote repository.<br /> If you do not have own, you should work in a branch.<br /> * In Github for Windows and in Atlassian Source Tree: push the Branch button, and give it a meaningful name (i.e. your first name)<br /> Then you can upload<br /> * In Github for Windows: Sync<br /> * In Atlassian SourceTree: stage files - commit - push when commit<br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Experiment ===<br /> For running experiments in the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === Saccade ===<br /> For analysing fast eye and head movements in the data coming from the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === PandA ===<br /> The old Perception and Action Matlab toolbox (obsolete, is replaced by Experiment and Saccade)<br /> <br /> === Biophysics Labs ===<br /> For issue tracking</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=119 2015-06-14T07:44:12Z

<p>Marcw: /* Click */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client from https://windows.github.com/ or from https://mac.github.com/<br /> * Add the repository via Command line instructions:<br /> ** '''Git global setup'''<br /> *** git config --global user.name &quot;Your Name&quot;<br /> *** git config --global user.email &quot;your.e@mail.adress&quot;<br /> ** '''Create a new repository'''<br /> *** git clone https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** cd test<br /> *** touch README.md<br /> *** git add README.md<br /> *** git commit -m &quot;add README&quot;<br /> *** git push -u origin master<br /> ** '''Existing folder or Git repository'''<br /> *** cd existing_folder<br /> *** git init<br /> *** git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/username/projectname.git<br /> *** git push -u origin master<br /> <br /> <br /> * [https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview Atlassian Sourcetree]<br /> * Clone the repository via a button press<br /> <br /> == How can I get the changes others have made (fetch/pull)? ==<br /> * In Github for Windows: the Sync button<br /> * In Atlassian Sourcetree: the Pull button<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (commit/push)?==<br /> You should have Master rights to be able to upload your changes to the remote repository.<br /> If you do not have own, you should work in a branch.<br /> * In Github for Windows and in Atlassian Source Tree: push the Branch button, and give it a meaningful name (i.e. your first name)<br /> Then you can upload<br /> * In Github for Windows: Sync<br /> * In Atlassian SourceTree: stage files - commit - push when commit<br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Experiment ===<br /> For running experiments in the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === Saccade ===<br /> For analysing fast eye and head movements in the data coming from the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === PandA ===<br /> The old Perception and Action Matlab toolbox (obsolete, is replaced by Experiment and Saccade)<br /> <br /> === Biophysics Labs ===<br /> For issue tracking</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=118 2015-06-14T07:42:32Z

<p>Marcw: /* Click */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client from https://windows.github.com/ or from https://mac.github.com/<br /> * Add the repository via Command line instructions:<br /> ** '''Git global setup'''<br /> ** git config --global user.name &quot;Your Name&quot;<br /> ** git config --global user.email &quot;your.e@mail.adress&quot;<br /> ** '''Create a new repository'''<br /> ** git clone https://gitlab.science.ru.nl/gvbentum/test.git<br /> ** cd test<br /> ** touch README.md<br /> ** git add README.md<br /> ** git commit -m &quot;add README&quot;<br /> ** git push -u origin master<br /> ** '''Existing folder or Git repository'''<br /> ** cd existing_folder<br /> ** git init<br /> ** git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/gvbentum/test.git<br /> ** git push -u origin master<br /> <br /> <br /> * [https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview Atlassian Sourcetree]<br /> * Clone the repository via a button press<br /> <br /> == How can I get the changes others have made (fetch/pull)? ==<br /> * In Github for Windows: the Sync button<br /> * In Atlassian Sourcetree: the Pull button<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (commit/push)?==<br /> You should have Master rights to be able to upload your changes to the remote repository.<br /> If you do not have own, you should work in a branch.<br /> * In Github for Windows and in Atlassian Source Tree: push the Branch button, and give it a meaningful name (i.e. your first name)<br /> Then you can upload<br /> * In Github for Windows: Sync<br /> * In Atlassian SourceTree: stage files - commit - push when commit<br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Experiment ===<br /> For running experiments in the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === Saccade ===<br /> For analysing fast eye and head movements in the data coming from the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === PandA ===<br /> The old Perception and Action Matlab toolbox (obsolete, is replaced by Experiment and Saccade)<br /> <br /> === Biophysics Labs ===<br /> For issue tracking</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=117 2015-06-14T05:15:14Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client from https://windows.github.com/ or from https://mac.github.com/<br /> * Add the repository via Command line instructions<br /> <br /> ** '''Git global setup'''<br /> ** git config --global user.name &quot;Your Name&quot;<br /> ** git config --global user.email &quot;your.e@mail.adress&quot;<br /> ** '''Create a new repository'''<br /> ** git clone https://gitlab.science.ru.nl/gvbentum/test.git<br /> ** cd test<br /> ** touch README.md<br /> ** git add README.md<br /> ** git commit -m &quot;add README&quot;<br /> ** git push -u origin master<br /> ** '''Existing folder or Git repository'''<br /> ** cd existing_folder<br /> ** git init<br /> ** git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/gvbentum/test.git<br /> ** git push -u origin master<br /> <br /> <br /> * [https://www.atlassian.com/software/sourcetree/overview Atlassian Sourcetree]<br /> * Clone the repository via a button press<br /> <br /> == How can I get the changes others have made (fetch/pull)? ==<br /> * In Github for Windows: the Sync button<br /> * In Atlassian Sourcetree: the Pull button<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (commit/push)?==<br /> You should have Master rights to be able to upload your changes to the remote repository.<br /> If you do not have own, you should work in a branch.<br /> * In Github for Windows and in Atlassian Source Tree: push the Branch button, and give it a meaningful name (i.e. your first name)<br /> Then you can upload<br /> * In Github for Windows: Sync<br /> * In Atlassian SourceTree: stage files - commit - push when commit<br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Experiment ===<br /> For running experiments in the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === Saccade ===<br /> For analysing fast eye and head movements in the data coming from the [[Sphere_lab]]<br /> <br /> === PandA ===<br /> The old Perception and Action Matlab toolbox (obsolete, is replaced by Experiment and Saccade)<br /> <br /> === Biophysics Labs ===<br /> For issue tracking</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Network&diff=116 2015-06-14T05:04:24Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>Several network drives:<br /> //mbauditi-srv.science.ru.nl/mbauditi<br /> <br /> //mbaudit1-srv.science.ru.nl/mbaudit1<br /> <br /> //mbaudit2-srv.science.ru.nl/mbaudit2<br /> <br /> //mbaudit3-srv.science.ru.nl/mbaudit3<br /> <br /> <br /> Experimental PCs with Windows XP do not have internet access, only for experiments, data exchange via network drives (not USB). Note that Experimental PCs are for Experiments only (no browsing for leisure). There is at least one non-experimental PC in the lab with internet access, and you can connect your own laptop/tablet/phone to the eduroam Wi-Fi.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Sphere_lab&diff=115 2015-06-14T05:01:14Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> == [[Technical details]] ==<br /> <br /> == [[Experimenter Account Setup]] ==<br /> <br /> == Running a sound localization experiment ==<br /> <br /> * design an experimental paradigm<br /> * create a trial-based exp file<br /> * calibration experiment<br /> * localization experiment</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Experimenter_Account_Setup&diff=114 2015-06-14T04:59:02Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> To run experiments in the Sphere Lab, you will need particular Matlab files that are stored in a [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git Git repository]<br /> <br /> For bachelor/master/PhD students:<br /> * Ask for an administrator (Marc van Wanrooij, Günter Windau) to create a new User Account without administrator rights<br /> * Login to [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab]<br /> * Ask for a Git Master (Marc van Wanrooij, Günter Windau) to give you access to the [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git Git repository] to add you as a Developer (this will allow you to change things without affecting the main repository).<br /> * install Atlassian SourceTree by going to Windows/ProgramFiles/Atlassian and double clicking on sourcetree.exe (this will be your interface with the repository instead of the default terminal/command prompt).<br /> * Clone the [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git experiment-repository] by clicking on Clone in SourceTree to MATLAB/experiment in your User account Documents folder (all required m-files will now be copied to your folder, i.e. you will own your own local repository)<br /> * Create a new branch of this repository by clicking on Branch in SourceTree, and give it a meaningful name, such as your own first name (this will enable you to edit the m-files and upload/push it to the remote repository, without affecting the main repository).<br /> * Add the local repository to Matlab's path (via ...)<br /> * Start an experiment<br /> <br /> At the end of a student's internship (or when relevant), request for a merge (to incorporate all the useful changes you made into the main repository)</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Experimenter_Account_Setup&diff=113 2015-06-14T04:56:41Z

<p>Marcw: Created page with &quot;To run experiments in the Sphere Lab, you will need particular Matlab files that are stored in a [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git Git repository] For bachel...&quot;</p> <hr /> <div>To run experiments in the Sphere Lab, you will need particular Matlab files that are stored in a [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git Git repository]<br /> <br /> For bachelor/master/PhD students:<br /> * Ask for an administrator (Marc van Wanrooij, Günter Windau) to create a new User Account without administrator rights<br /> * Login to [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab]<br /> * Ask for a Git Master (Marc van Wanrooij, Günter Windau) to give you access to the [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git Git repository] to add you as a Developer (this will allow you to change things without affecting the main repository).<br /> * install Atlassian SourceTree by going to Windows/ProgramFiles/Atlassian and double clicking on sourcetree.exe (this will be your interface with the repository instead of the default terminal/command prompt).<br /> * Clone the [https://gitlab.science.ru.nl/marcw/experiment.git experiment-repository] by clicking on Clone in SourceTree to MATLAB/experiment in your User account Documents folder (all required m-files will now be copied to your folder, i.e. you will own your own local repository)<br /> * Create a new branch of this repository by clicking on Branch in SourceTree, and give it a meaningful name, such as your own first name (this will enable you to edit the m-files and upload/push it to the remote repository, without affecting the main repository).<br /> * in Matlab <br /> At the end of a student's internship (or when relevant), request for a merge.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Sphere_lab&diff=112 2015-06-14T04:38:46Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> == [[Technical details]] ==<br /> <br /> == [[Experimenter Account Setup]] ==</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Sphere_lab&diff=111 2015-06-14T04:37:24Z

<p>Marcw: Replaced content with &quot; -- Technical details -- -- Experimenter Account Setup --&quot;</p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> -- [[Technical details]] --<br /> <br /> -- [[Experimenter Account Setup]] --</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Technical_details&diff=110 2015-06-14T04:35:25Z

<p>Marcw: Created page with &quot; == Biophysics Sphere lab - General information == Basic information on TDT programming can be found in the [http://www.tdt.com/files/manuals/RPvdsEx_Manual.pdf RPvdsEx manua...&quot;</p> <hr /> <div><br /> == Biophysics Sphere lab - General information ==<br /> <br /> Basic information on TDT programming can be found in the [http://www.tdt.com/files/manuals/RPvdsEx_Manual.pdf RPvdsEx manual]<br /> For everyone: read this first! (several examples: tones)<br /> <br /> == Technical specifications ==<br /> <br /> TDT hardware consists of<br /> * 2 RP2<br /> * 2 SA1<br /> * 4 PA5<br /> * 8 MUX<br /> * 1 RA16 (medusa)<br /> * 1 RA8GA (gain amplifier for medusa)<br /> <br /> Layout graphic needed<br /> <br /> == Basic sound localization experiment software ==<br /> <br /> A basic sound localization experiment consists of several software components:<br /> * xxxxxx.rcx for sound generation and data acquisition using TDT<br /> * xxxxxx.m to input parameters, acting as a GUI<br /> <br /> === Sound generation ===<br /> <br /> With the TDT system we can create and control sound stimuli in realtime.<br /> Stimulus parameters such as loudness, duration and onset timing can be controlled using the circuit components of the RPvdsex software. <br /> To create a stimulus, a relevant circuit has to be loaded onto the RP2 Realtime Processing unit. These files are called .rcx/.rpx files and can be found on the C:\MATLAB\experiment\RPvdsex drive on the experimental pc in the Biophysics lab. <br /> <br /> Let's start with an example of gaussian white noise to see what is needed to present a stimulus. <br /> <br /> [[File:soundsetup.png]]<br /> <br /> In the circuit shown above, we can see that there is a separate component called &quot;GaussNoise&quot;. This generates random numbers that can be used to produce whitenoise through a speaker. <br /> After the GaussNoise component, there are two &quot;Biquad&quot; components in serie. The Biquad components both have input from &quot;ButCoef1&quot;; Butterworth filter coefficient generators. The result is a sound that is Lowpass filtered with cutoff frequency &quot;LPFreq&quot; and highpass filtered with &quot;HPfreq&quot;. Both LPfreq and HPfreq are so called parameter tags, wich can be controlled via matlab with the command ''RP2.SetTagVal('HPfreq',MatlabHPfreq)'' where MatlabHPfreq is the Matlab variable with the value you want to assign to HPfreq in the circuit. <br /> <br /> The filtered noise signal is passed to &quot;BPGwn&quot; (bandpassed Gaussian White noise) which is a simple linker component to create a clear flow in the circuit. <br /> The BPGwn reappears in the lower left part of the circuit, where it functions as input for a gating component &quot;Cos2Gate&quot;. The gating component makes sure that the signal onset is a smooth transition from 0 to maximum amplitude, to prevent highfrequency onset artefacts. <br /> The Cos2Gate has additional green input in the form of Ctrl=Open, meaning that this is a digital (0 or 1) value. Likewise, the main input of Cos2Gate is light blue, meaning that it is a floating point value. When you create and compile your own circuits, the software checks if the input type matches the type of signal you connected. <br /> The Ctrl=Open port gets its input from the &quot;Schmitt&quot; component which creates a digital pulse of length &quot;Thi&quot; milliseconds. This is the stimulus duration, which you can change by altering the &quot;StimLength&quot; tag value. The Schmitt pulse is triggered by a linker called &quot;Engage&quot; which you can trace back to the top of the circuit. There and &quot;EdgeDetect&quot; looks for sharp positive change in the external trigger labeled &quot;Src=Extern&quot;. This is the trigger input on the RP2 machine, usually you connect a button that the participant presses. <br /> <br /> The output of the Cos2Gate is multiplied by &quot;GWNAmp&quot; to create a fixed loudness change. Note that you can also change the loudness by altering the &quot;Amp&quot; parameter in the GaussNoise component. <br /> After the multiplier, there are two components called &quot;Ch=1&quot; and &quot;Ch=2&quot;. These are Digital to Analog Converters (DAC outputs) and they correspond to the two output channels on the RP2.<br /> <br /> After the RP2, the sound signal is led through a PM2relay (&quot;MUX machines&quot; or Multiplexers) to assign which speaker should present the sound. <br /> <br /> [[File:muxcontrol.png]]<br /> <br /> In this part of the circuit, we will start with the output instead of the input. <br /> Output here is the &quot;WordBitOut&quot; on the right with &quot;M=-1&quot; written inside. The wordbitout is a digital output with 8 bits. <br /> From the TDT system manual: <br /> ''Bits 0 - 3 identify the channel number. Integer 0, or bitpattern (xxxx 0000), is channel 0 and integer 15, or bitpattern (xxxx 1111), is channel 15.<br /> Bits 4 and 5 identify the device number. Integer value 0, or bit pattern (xx00xxxx), is device number 0 and integer value 48, or bit pattern (xx11xxxx), is device number 3. The device number is set internally for each PM2R and allows for an RP2 to control up to four PM2R modules. If only one PM2R is being used, it should have device number 0.<br /> Bit 6 is the set-bit. When this bit is set high, the channel and device from the previous six bits is activated.<br /> Bit 7 deactivates all channels across only the specified device.''<br /> <br /> This means that you need to add several integer values to switch on the speaker you want. To select the channel (0-15) on a multiplexer, you can change the &quot;GwnChan&quot; tag. To select a multiplexer device, change the &quot;DeviceSelect&quot; tag value. Finally, to switch on the selected speaker, choose value 64 for &quot;SetReset&quot; and trigger the software trigger (the &quot;Src=Soft1&quot; component) via matlab. To know which speaker (azymuth, elevation location) belongs to which configuration of multiplexerindex and channel, use the SoundSpeakerLookUp function in matlab (more on this function and other matlab functions in another section).<br /> <br /> '''Timing of sounds'''<br /> The timing of sound playback is an important factor in an auditory experiment. Humans can detect onset differences at millisecond level, so knowing when your sound was presented and when it ended is crucial for analysis. <br /> A specific part of the sound presentation RP2 circuit is designed to measure and store onset/offset timings for sounds. This part of the circuit is shown in the figure below: <br /> <br /> [[File:soundtiming.png]]<br /> <br /> The timings of sound onset and offset are based on the change in ''WriteSound''. Once ''SoundOn'' or ''SoundOff'' is high, the ''Schmitt2'' sends a single sample pulse to the ''SerStore'' buffer component. The buffer stores the value in the Counter (the ''Clock'' value). The counter can be set at any time before stimulus presentation, because only the relative timings between different events in a trial (button presses, LED timings, data acquiring) matter. In the circuit above, the counter is switched on with a zBusA trigger. This has the advantage that multiple circuits on different machines can be triggered simultaneously. <br /> The tags ''OnsetTimings'' and ''OffsetTimings'' can be read using the matlab command RP2.ReadTagV('OnsetTimings',0,1) (or 'OffsetTimings').<br /> <br /> == Recording headcoil data with TDT system ==<br /> <br /> The data we measure in our localisation experiments are voltage changes in the headcoil that participants wear. <br /> A head movement results in a change in flux through the headcoil and thus in a different magnetic induction current for all three (horizontal, vertical, frontal) magnetic fields.<br /> This raw voltage signal is led through the Remmel system, which demodulates the signal into three separate signals for the three orthogonal directions. <br /> <br /> These three signals are amplified by the RA8GA Adjustable Gain Preamp. The &quot;Range Select&quot; of this machine should always be on 10V. <br /> The amplified signal is passed onto the RA16 Medusa Base Station. The RA16 collects the data and a specifically designed .rpx circuit can provide a readout that can be saved in a Matlab environment. <br /> <br /> The data on the RA16 is stored in internal buffer units, that have to be controlled via a Matlab initiation. Let's take a look at the circuit to understand how data is recorded and exported:<br /> <br /> <br /> <br /> An important aspect of the design is the timing of the signal aqcuisition. Ideally, you want the acquisition to start at the same time that the sound stimulus from the RP2 is played. <br /> This is implemented by using a zBus trigger that is used by both the circuits in the RP2s and in the RA16.<br /> <br /> <br /> == Storing data ==<br /> <br /> Data from the localization experiments should be stored in a HDF5 file. <br /> This file should hold all information about the experiment. <br /> A matlab function is availabe to write your .mat data into a HDF5 file. <br /> <br /> the structure of this file is as following: <br /> <br /> /ExperimentInfo (date, time, experimenter, subject number, experiment type, session number)<br /> /StimulusInfo (stimulus type, stimulus parameters, hardware settings, used TDT circuits or wav-files)<br /> /TrialLog (per trial information: single trial stimulus parameters (LED/Sound) onset/offset, buttonpress timing, data readout timing)<br /> /HeadMovement (headcoil readout channels) <br /> /Notes (additional information; participant comments, abnormalities)<br /> <br /> With the HDF5 file format, you can write multiple sessions with the same participant in the same file, so you won't have to edit all the metadata everytime you save a new session.<br /> <br /> == Running a localization experiment ==</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Sphere_lab&diff=109 2015-06-14T04:35:12Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> <br /> [[Technical details]]<br /> <br /> == Biophysics Sphere lab - General information ==<br /> <br /> Basic information on TDT programming can be found in the [http://www.tdt.com/files/manuals/RPvdsEx_Manual.pdf RPvdsEx manual]<br /> For everyone: read this first! (several examples: tones)<br /> <br /> == Technical specifications ==<br /> <br /> TDT hardware consists of<br /> * 2 RP2<br /> * 2 SA1<br /> * 4 PA5<br /> * 8 MUX<br /> * 1 RA16 (medusa)<br /> * 1 RA8GA (gain amplifier for medusa)<br /> <br /> Layout graphic needed<br /> <br /> == Basic sound localization experiment software ==<br /> <br /> A basic sound localization experiment consists of several software components:<br /> * xxxxxx.rcx for sound generation and data acquisition using TDT<br /> * xxxxxx.m to input parameters, acting as a GUI<br /> <br /> === Sound generation ===<br /> <br /> With the TDT system we can create and control sound stimuli in realtime.<br /> Stimulus parameters such as loudness, duration and onset timing can be controlled using the circuit components of the RPvdsex software. <br /> To create a stimulus, a relevant circuit has to be loaded onto the RP2 Realtime Processing unit. These files are called .rcx/.rpx files and can be found on the C:\MATLAB\experiment\RPvdsex drive on the experimental pc in the Biophysics lab. <br /> <br /> Let's start with an example of gaussian white noise to see what is needed to present a stimulus. <br /> <br /> [[File:soundsetup.png]]<br /> <br /> In the circuit shown above, we can see that there is a separate component called &quot;GaussNoise&quot;. This generates random numbers that can be used to produce whitenoise through a speaker. <br /> After the GaussNoise component, there are two &quot;Biquad&quot; components in serie. The Biquad components both have input from &quot;ButCoef1&quot;; Butterworth filter coefficient generators. The result is a sound that is Lowpass filtered with cutoff frequency &quot;LPFreq&quot; and highpass filtered with &quot;HPfreq&quot;. Both LPfreq and HPfreq are so called parameter tags, wich can be controlled via matlab with the command ''RP2.SetTagVal('HPfreq',MatlabHPfreq)'' where MatlabHPfreq is the Matlab variable with the value you want to assign to HPfreq in the circuit. <br /> <br /> The filtered noise signal is passed to &quot;BPGwn&quot; (bandpassed Gaussian White noise) which is a simple linker component to create a clear flow in the circuit. <br /> The BPGwn reappears in the lower left part of the circuit, where it functions as input for a gating component &quot;Cos2Gate&quot;. The gating component makes sure that the signal onset is a smooth transition from 0 to maximum amplitude, to prevent highfrequency onset artefacts. <br /> The Cos2Gate has additional green input in the form of Ctrl=Open, meaning that this is a digital (0 or 1) value. Likewise, the main input of Cos2Gate is light blue, meaning that it is a floating point value. When you create and compile your own circuits, the software checks if the input type matches the type of signal you connected. <br /> The Ctrl=Open port gets its input from the &quot;Schmitt&quot; component which creates a digital pulse of length &quot;Thi&quot; milliseconds. This is the stimulus duration, which you can change by altering the &quot;StimLength&quot; tag value. The Schmitt pulse is triggered by a linker called &quot;Engage&quot; which you can trace back to the top of the circuit. There and &quot;EdgeDetect&quot; looks for sharp positive change in the external trigger labeled &quot;Src=Extern&quot;. This is the trigger input on the RP2 machine, usually you connect a button that the participant presses. <br /> <br /> The output of the Cos2Gate is multiplied by &quot;GWNAmp&quot; to create a fixed loudness change. Note that you can also change the loudness by altering the &quot;Amp&quot; parameter in the GaussNoise component. <br /> After the multiplier, there are two components called &quot;Ch=1&quot; and &quot;Ch=2&quot;. These are Digital to Analog Converters (DAC outputs) and they correspond to the two output channels on the RP2.<br /> <br /> After the RP2, the sound signal is led through a PM2relay (&quot;MUX machines&quot; or Multiplexers) to assign which speaker should present the sound. <br /> <br /> [[File:muxcontrol.png]]<br /> <br /> In this part of the circuit, we will start with the output instead of the input. <br /> Output here is the &quot;WordBitOut&quot; on the right with &quot;M=-1&quot; written inside. The wordbitout is a digital output with 8 bits. <br /> From the TDT system manual: <br /> ''Bits 0 - 3 identify the channel number. Integer 0, or bitpattern (xxxx 0000), is channel 0 and integer 15, or bitpattern (xxxx 1111), is channel 15.<br /> Bits 4 and 5 identify the device number. Integer value 0, or bit pattern (xx00xxxx), is device number 0 and integer value 48, or bit pattern (xx11xxxx), is device number 3. The device number is set internally for each PM2R and allows for an RP2 to control up to four PM2R modules. If only one PM2R is being used, it should have device number 0.<br /> Bit 6 is the set-bit. When this bit is set high, the channel and device from the previous six bits is activated.<br /> Bit 7 deactivates all channels across only the specified device.''<br /> <br /> This means that you need to add several integer values to switch on the speaker you want. To select the channel (0-15) on a multiplexer, you can change the &quot;GwnChan&quot; tag. To select a multiplexer device, change the &quot;DeviceSelect&quot; tag value. Finally, to switch on the selected speaker, choose value 64 for &quot;SetReset&quot; and trigger the software trigger (the &quot;Src=Soft1&quot; component) via matlab. To know which speaker (azymuth, elevation location) belongs to which configuration of multiplexerindex and channel, use the SoundSpeakerLookUp function in matlab (more on this function and other matlab functions in another section).<br /> <br /> '''Timing of sounds'''<br /> The timing of sound playback is an important factor in an auditory experiment. Humans can detect onset differences at millisecond level, so knowing when your sound was presented and when it ended is crucial for analysis. <br /> A specific part of the sound presentation RP2 circuit is designed to measure and store onset/offset timings for sounds. This part of the circuit is shown in the figure below: <br /> <br /> [[File:soundtiming.png]]<br /> <br /> The timings of sound onset and offset are based on the change in ''WriteSound''. Once ''SoundOn'' or ''SoundOff'' is high, the ''Schmitt2'' sends a single sample pulse to the ''SerStore'' buffer component. The buffer stores the value in the Counter (the ''Clock'' value). The counter can be set at any time before stimulus presentation, because only the relative timings between different events in a trial (button presses, LED timings, data acquiring) matter. In the circuit above, the counter is switched on with a zBusA trigger. This has the advantage that multiple circuits on different machines can be triggered simultaneously. <br /> The tags ''OnsetTimings'' and ''OffsetTimings'' can be read using the matlab command RP2.ReadTagV('OnsetTimings',0,1) (or 'OffsetTimings').<br /> <br /> == Recording headcoil data with TDT system ==<br /> <br /> The data we measure in our localisation experiments are voltage changes in the headcoil that participants wear. <br /> A head movement results in a change in flux through the headcoil and thus in a different magnetic induction current for all three (horizontal, vertical, frontal) magnetic fields.<br /> This raw voltage signal is led through the Remmel system, which demodulates the signal into three separate signals for the three orthogonal directions. <br /> <br /> These three signals are amplified by the RA8GA Adjustable Gain Preamp. The &quot;Range Select&quot; of this machine should always be on 10V. <br /> The amplified signal is passed onto the RA16 Medusa Base Station. The RA16 collects the data and a specifically designed .rpx circuit can provide a readout that can be saved in a Matlab environment. <br /> <br /> The data on the RA16 is stored in internal buffer units, that have to be controlled via a Matlab initiation. Let's take a look at the circuit to understand how data is recorded and exported:<br /> <br /> <br /> <br /> An important aspect of the design is the timing of the signal aqcuisition. Ideally, you want the acquisition to start at the same time that the sound stimulus from the RP2 is played. <br /> This is implemented by using a zBus trigger that is used by both the circuits in the RP2s and in the RA16.<br /> <br /> <br /> == Storing data ==<br /> <br /> Data from the localization experiments should be stored in a HDF5 file. <br /> This file should hold all information about the experiment. <br /> A matlab function is availabe to write your .mat data into a HDF5 file. <br /> <br /> the structure of this file is as following: <br /> <br /> /ExperimentInfo (date, time, experimenter, subject number, experiment type, session number)<br /> /StimulusInfo (stimulus type, stimulus parameters, hardware settings, used TDT circuits or wav-files)<br /> /TrialLog (per trial information: single trial stimulus parameters (LED/Sound) onset/offset, buttonpress timing, data readout timing)<br /> /HeadMovement (headcoil readout channels) <br /> /Notes (additional information; participant comments, abnormalities)<br /> <br /> With the HDF5 file format, you can write multiple sessions with the same participant in the same file, so you won't have to edit all the metadata everytime you save a new session.<br /> <br /> == Running a localization experiment ==</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=106 2015-06-05T13:56:04Z

<p>Marcw: /* Terminal */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client from https://windows.github.com/ or from https://mac.github.com/<br /> * Add the repository<br /> <br /> Command line instructions<br /> <br /> Git global setup<br /> git config --global user.name &quot;Guus van Bentum&quot;<br /> git config --global user.email &quot;g.vanbentum@science.ru.nl&quot;<br /> Create a new repository<br /> git clone https://gitlab.science.ru.nl/gvbentum/test.git<br /> cd test<br /> touch README.md<br /> git add README.md<br /> git commit -m &quot;add README&quot;<br /> git push -u origin master<br /> Existing folder or Git repository<br /> cd existing_folder<br /> git init<br /> git remote add origin https://gitlab.science.ru.nl/gvbentum/test.git<br /> git push -u origin master<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (push)?==<br /> <br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Experiment ===<br /> <br /> === Saccade ===<br /> <br /> === PandA ===</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Code&diff=105 2015-06-05T13:55:26Z

<p>Marcw: /* Terminal */</p> <hr /> <div>The code for running experiments and analysing data is all stored on [//gitlab.science.ru.nl gitlab].<br /> <br /> == How can I access Gitlab?==<br /> Login to [//gitlab.science.ru.nl gitlab] with your Science Faculty account. Some repositories.<br /> <br /> == How can I get (clone) the code from the repository? ==<br /> <br /> You can get the code from the repository in several ways, all with their own advantages.<br /> <br /> === Download zip-file ===<br /> <br /> <br /> === Click ===<br /> * Instal the GitHUB client from https://windows.github.com/ or from https://mac.github.com/<br /> * Add the repository<br /> <br /> === Terminal ===<br /> [[File:test.pdf]]<br /> <br /> == How can I put my changes of the code in the repository (push)?==<br /> <br /> <br /> == Which repositories exist, and what are they for? ==<br /> <br /> === Experiment ===<br /> <br /> === Saccade ===<br /> <br /> === PandA ===</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Issues_%26_Problems&diff=104 2015-06-04T08:38:13Z

<p>Marcw: Created page with &quot;We have a Git project on [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab] to keep track of issues and problems with the labs. * Please login with your Science account, and ask Günter, R...&quot;</p> <hr /> <div>We have a Git project on [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab] to keep track of issues and problems with the labs.<br /> * Please login with your Science account, and ask Günter, Ruurd or Marc to add you to the sphere_lab project as a member.<br /> * Afterwards, you will be able to login to [https://gitlab.science.ru.nl Gitlab] , where you will find the sphere_lab project on the top-right of the page. Click on this.<br /> * In the left-column, you can find the issues section. Click on this,<br /> * You can now add an issue, and &quot;assign&quot; it to one of the project members. If you need more people knowing of this problem, you can &quot;assign&quot; them to the problem, or ask them to &quot;subscribe&quot; to the problem. They will receive an e-mail on all updates/comments.<br /> * Add comments and figures about the problem.<br /> * Close the issue when the problem is solved.<br /> <br /> This will enable us to keep track of all issues in the labs. Note: it is also important to talk to others involved.</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=103 2015-06-04T08:30:16Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[Code]]<br /> <br /> [[Network]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> [[Issues &amp; Problems]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=102 2015-06-03T13:30:19Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> * (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> * (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Good_Laboratory_Practice_(GLP)&diff=101 2015-06-03T13:28:31Z

<p>Marcw: </p> <hr /> <div>John's powerpoint presentation on good laboratory practice [http://www.healthpac.eu/Wiki/GoodLabPractice.pptx Good Laboratory Practice]<br /> <br /> Keeping a lab journal is important. Some [http://www.healthpac.eu/Wiki/labjournal.docx guidelines].<br /> <br /> Lab manuals exist for <br /> - (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/prot_e.pdf Tommy Lab] (especially, page 26)<br /> - (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/aud_toolbox.pdf Hoop Lab] (especially, page 22 )<br /> <br /> Experiment sheets exist for:<br /> - (&lt;2000) [http://www.healthpac.eu/Wiki/exp_sheet.pdf Tommy Lab]<br /> - (&gt;2005) [http://www.healthpac.eu/Wiki/example_exp_sheet.pdf Hoop Lab]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=100 2015-04-28T07:06:41Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[Code]]<br /> <br /> [[Network]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> [[Meetings]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=99 2015-04-28T07:05:40Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[Code]]<br /> <br /> [[Network]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=98 2015-04-28T07:05:28Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[Code]]<br /> <br /> [[Network]]<br /> <br /> [[Meeting]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Tutorials&diff=97 2015-04-28T07:04:38Z

<p>Marcw: Created page with &quot;Matlab tutorials for new students Coursera: [https://www.coursera.org/course/matlab Coursera ]&quot;</p> <hr /> <div>Matlab tutorials for new students<br /> Coursera: [https://www.coursera.org/course/matlab Coursera ]</div>

Marcw https://wiki.biophysics.science.ru.nl/index.php?title=Labs&diff=96 2015-04-28T07:04:27Z

<p>Marcw: /* General */</p> <hr /> <div><br /> == FAQ ==<br /> <br /> == General ==<br /> <br /> [[Code]]<br /> <br /> [[Network]]<br /> <br /> [[Ethics &amp; Subjects]]<br /> <br /> [[GLP]]<br /> <br /> [[Tutorials]]<br /> <br /> == Specific ==<br /> <br /> Information, protocols, lab users<br /> <br /> <br /> <br /> [[NIRS-EEG lab]]<br /> <br /> [[Sphere lab]]<br /> <br /> [[Hoop lab]]<br /> <br /> [[Vestibular lab]]<br /> <br /> [[Vision lab]]</div>

Marcw